В аниме «Загадочная девушка Х» история 17-летнего Акиры Цубаки переплетается с загадочной Микото Урабэ, чьи странности вызывают у него все более глубокие чувства. Она предпочитает спать вместо общения, слышит голоса и реагирует на приставания с помощью ножниц. Непредсказуемое превращение их отношений начинается, когда Акира, случайно попробовав слюну Микото, оказывается в плену странной болезни. Когда Урабэ приходит к нему с диагнозом, их связь становится неизбежной и загадочной. Теперь им предстоит не только разгадать друг друга, но и пройти долгий путь к настоящей любви, где внутреннее важнее внешнего.